|
|
Vliv citrulinace histonových proteinů na genovou expresi vybraných genů u buněk myeloidní řady
Tučková, Kristýna ; Dobeš,, Pavel (oponent) ; Číž,, Milan (vedoucí práce)
Neutrofilní granulocyty jsou důležitými buňkami vrozené imunity a zajišťují obranu organismu před patogeny pomocí různých mechanismů. Jedním z těchto mechanismů je NETóza, při které dochází k uvolnění dekondenzovaného chromatinu a také citrulinovaných histonových proteinů. Citrulinace je post-translační modifikací, která je katalyzována enzymem peptidylarginindeiminasou (PAD) a která vede k přeměně kladně nabitého argininu na neutrální citrulin a může způsobit změny exprese genů pro cytokiny. Byla stanovována koncentrace prozánětlivých cytokinů (IL-8, TNF, IL-1) v závislosti na míře citrulinace histonu H3. Stanovení bylo provedeno na úrovni proteinů metodou ELISA a na úrovni mRNA pomocí qPCR. Pro navození citrulinace a aktivaci PAD4 byl použit vápníkový ionofor a pro inhibici sloužily dva inhibitory: Cl-amidine a TDFA. Bylo zjištěno, že po aktivaci PAD4 docházelo k významnému zvýšení produkce IL-8 a IL-1. Zvýšení exprese IL-8 bylo rovněž potvrzeno i na úrovni mRNA pomocí qPCR. K inhibici PAD4 a snížení produkce IL-8 a IL-1 docházelo za použití obou inhibitorů. Expresi TNF se nepodařilo prokázat ani na úrovni proteinů, ani na úrovni mRNA.
|
|
|
The relationship between splicing and posttranslational modifications of chromatin in Saccharomyces cerevisiae
Kovaľová, Libuša ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW1/SKIP, byl v literatuře doposud spojován pouze s regulací sestřihu pre-mRNA. Naše laboratoř odhalila, že protein Prp45 geneticky interaguje nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a enzymy katalyzujícími chromatínové modifikace. Naše výsledky a rovněž i poznatky o lidském orthologovi SNW1/SKIP naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor propojující sestřih, transkripci a stav chromatínu u S. cerevisiae. Hlavním cílem diplomového projektu bylo zjistit, zda protein Prp45, který je nezbytný pro kotranskripční sestavování spliceozomu, ovlivňuje posttranslačné modifikace chromatínu na transkribovaných genech. Pomocí chromatinové imunoprecipitace nicméně nebyl potvrzen vliv mutace prp45(1-169) na profil trimethylace histonu H3 na lyzinu 4 a acetylace histonu H3 na lyzínech 9, 14 a 18 na lokusech transkripčně aktívních genů. Naším cílem také bylo průtokovou cytometrií analyzovat chování buněk synchronizovaných pomocí α-faktoru. Bylo ukázáno, že mutace prp45(1-169) vede k prodloužení buněčného cyklu. V rámci diplomového projektu byl pro účely sledování dynamiky nukleozomů v kmenech S. cerevisiae zaveden systém indukované exprese značeného histonu H3. Výsledky...
|
|
|
Vliv citrulinace histonových proteinů na genovou expresi vybraných genů u buněk myeloidní řady
Tučková, Kristýna ; Dobeš,, Pavel (oponent) ; Číž,, Milan (vedoucí práce)
Neutrofilní granulocyty jsou důležitými buňkami vrozené imunity a zajišťují obranu organismu před patogeny pomocí různých mechanismů. Jedním z těchto mechanismů je NETóza, při které dochází k uvolnění dekondenzovaného chromatinu a také citrulinovaných histonových proteinů. Citrulinace je post-translační modifikací, která je katalyzována enzymem peptidylarginindeiminasou (PAD) a která vede k přeměně kladně nabitého argininu na neutrální citrulin a může způsobit změny exprese genů pro cytokiny. Byla stanovována koncentrace prozánětlivých cytokinů (IL-8, TNF, IL-1) v závislosti na míře citrulinace histonu H3. Stanovení bylo provedeno na úrovni proteinů metodou ELISA a na úrovni mRNA pomocí qPCR. Pro navození citrulinace a aktivaci PAD4 byl použit vápníkový ionofor a pro inhibici sloužily dva inhibitory: Cl-amidine a TDFA. Bylo zjištěno, že po aktivaci PAD4 docházelo k významnému zvýšení produkce IL-8 a IL-1. Zvýšení exprese IL-8 bylo rovněž potvrzeno i na úrovni mRNA pomocí qPCR. K inhibici PAD4 a snížení produkce IL-8 a IL-1 docházelo za použití obou inhibitorů. Expresi TNF se nepodařilo prokázat ani na úrovni proteinů, ani na úrovni mRNA.
|
|
|
The relationship between splicing and posttranslational modifications of chromatin in Saccharomyces cerevisiae
Kovaľová, Libuša ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW1/SKIP, byl v literatuře doposud spojován pouze s regulací sestřihu pre-mRNA. Naše laboratoř odhalila, že protein Prp45 geneticky interaguje nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a enzymy katalyzujícími chromatínové modifikace. Naše výsledky a rovněž i poznatky o lidském orthologovi SNW1/SKIP naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor propojující sestřih, transkripci a stav chromatínu u S. cerevisiae. Hlavním cílem diplomového projektu bylo zjistit, zda protein Prp45, který je nezbytný pro kotranskripční sestavování spliceozomu, ovlivňuje posttranslačné modifikace chromatínu na transkribovaných genech. Pomocí chromatinové imunoprecipitace nicméně nebyl potvrzen vliv mutace prp45(1-169) na profil trimethylace histonu H3 na lyzinu 4 a acetylace histonu H3 na lyzínech 9, 14 a 18 na lokusech transkripčně aktívních genů. Naším cílem také bylo průtokovou cytometrií analyzovat chování buněk synchronizovaných pomocí α-faktoru. Bylo ukázáno, že mutace prp45(1-169) vede k prodloužení buněčného cyklu. V rámci diplomového projektu byl pro účely sledování dynamiky nukleozomů v kmenech S. cerevisiae zaveden systém indukované exprese značeného histonu H3. Výsledky...
|
|
|
Analýza karyotypu vakonošů (Psychidae, Lepidoptera) metodami klasické a molekulární cytogenetiky
HEJNÍČKOVÁ, Martina
Vzhledem ke svojí fylogenetické pozici hrají vakonoši (Psychidae) důležitou roli ve výzkumu původu chromosomu W u motýlů (Lepidoptera). Několik druhů vakonošů bylo testováno na přítomnost sex-chromatinu a vyšetřeno komparativní genomovou hybridizací. Navíc byl u samic pozorován lichý počet chromosomů a Z univalent. Tato práce přináší celistvý důkaz o absenci chromosomu W u vakonošů, čímž přispívá ke komplexním znalostem o evoluci chromosomu W. U vybraných druhů byl navíc analyzován karyotyp za použití rDNA a histon H3 sond. Výsledky naznačují relativní stabilitu karyotypu.
|
host ::
RSS.